Após instalação do Softaculous, tudo corria normal, até que (é, a informática veio pra resolver todos os problemas que não tínhamos antes dela) ao acessar tanto os ícones do FANTASTICO quanto do Softaculous o erro abaixo surgia, deixando o usuário pouco contente:

Site error: the file /usr/local/cpanel/whostmgr/docroot/cgi/softaculous/enduser/inc.php requires the ionCube PHP Loader ioncube_loader_lin_5.2.so to be installed by the site administrator.

A solução aparentava pedir o comando linux /scripts/makecpphp no terminal (shell), mas não era este o passo a ser executado para a solução. Portanto, se este erro ocorrer com você, entre no WHM logado como root, vá em Tweak Settings e desmarque ioncube na sessão PHP. Feito isso, volte e marque ioncube novamente. Claro que em ambos os passos você precisará salvar as alterações.

Após este procedimento simples, tanto o Softaculous quanto o FANTASTICO, voltaram a funcionar corretamente.